L’Histoire et les évènements tragiques qui s’y sont déroulés pendant la dernière guerre mondiale font du site de la prison de Montluc un lieu de mémoire exceptionnel. C’est ici qu’ont été internés Jean Moulin, le Maréchal de Lattre de Tassigny, l’historien Marc Bloch, l’avionneur Marcel Dassault, les enfants d’Izieu, mais aussi des anonymes, déportés, résistants ou victimes des persécutions raciales, avant leur départ pour les camps.
La désaffectation de la prison est l’occasion privilégiée pour lancer une réflexion et un projet sur le devenir de ce lieu, laissé dans un état de quasi abandon depuis plus de 60 ans.
C'est la raison pour laquelle Jacques Gérault, préfet du Rhône, a estimé indispensable non seulement de le protéger, mais aussi d'y développer un projet de lieu de mémoire.
Après avoir réuni les administrations et services compétents (Justice, Anciens Combattants, Université de Lyon III), Jacques Gérault a pris les mesures suivantes :
- les bâtiments présentant un intérêt historique, c'est-à-dire la porte d’entrée, la conciergerie, le "mur des fusillés" et la plus grande partie du mur d’enceinte, le quartier des femmes et celui des hommes seront inscrits à l'inventaire des Monuments historiques et protégés à ce titre ;
- le Préfet a proposé à Jean-Olivier Viout Procureur général près la cour d’Appel de Lyon de définir ,d’ici la fin du mois de juin, un projet d'aménagement en liaison avec les associations concernées ;
- l'Université de Lyon III assurera la gestion et le gardiennage de l'ensemble des locaux, tout en lançant, sur la partie non protégée de la prison, un programme de construction de locaux pour ses services administratifs et de logements pour étudiants ;
- le Centre d’Histoire de la Résistance et de la Déportation est sollicité pour organiser l’accueil du public et l’animation des lieux.